Liczba atomowa miedzi to 29, co oznacza, że zawiera 29 elektronów. Ponieważ elektrony są naładowane ujemnie, potrzebują one jednakowej liczby dodatnio naładowanych protonów, aby je zrównoważyć, co oznacza, że miedź ma również 29 protonów w swoim jądrze.
Chociaż miedź ma 29 całkowitych elektronów, ma tylko jeden elektron w swojej zewnętrznej powłoce. To sprawia, że miedź jest wysoce reaktywna, ponieważ ten samotny elektron może łatwo przejść z miedzi do innego atomu. Oprócz 29 protonów atom miedzi zawiera także 35 neutronów w swoim jądrze. Kombinacja protonów i neutronów daje miedzi masę atomową 63,55.