Aligatory oddychają wdychając powietrze do płuc. Nie mają skrzeli i nie mogą oddychać pod wodą, chociaż mogą przebywać pod wodą w odstępach czasu wynoszących do dwóch godzin, i uważa się, że mogą utrzymać swoją Oddychaj jeszcze dłużej, jeśli to konieczne.
Płuca aligatora mają jednokierunkowy przepływ powietrza, co oznacza, że powietrze poruszające się w płucach jest w dużej mierze świeżym powietrzem i ma wysoką zawartość tlenu. Płuca ptaków również mają jednokierunkowy przepływ powietrza. Płuca ssaków mają dwukierunkowy przepływ powietrza, co oznacza, że powietrze porusza się do iz powrotem do płuc. Z tego powodu powietrze wpadające do płuc ssaka miesza się z powietrzem znajdującym się w płucach przez pewien czas. To mieszane powietrze zawiera mniej tlenu. W płucach aligatora dostępna jest większa ilość tlenu, który rozprasza się w krwi.
Aligatory zamieszkują głównie świeżą wodę. Mają skłonność do zanurzenia się pod wodą przez 10-15 minut. Kiedy aligator wchodzi pod wodę, jego nozdrza, uszy i gardło są automatycznie zamykane za pomocą klapki. Te klapki zapobiegają przedostawaniu się wody do płuc lub żołądka. Aligatory spowalniają częstość akcji serca i zamykają pewne linie krwi w swoich ciałach, pozwalając więcej krwi dostać się do ważnych narządów. Krew przenosi tlen do tych narządów, opóźniając potrzebę oddychania przez aligatora.
