Aligatory rozmnażają się poprzez wewnętrzne zapłodnienie, kojarzą się w nocy i ostatecznie kładą od 35 do 50 jaj w małym otworze, który jest następnie pokryty gniazdem gnijącej roślinności. Około pięć razy więcej samic wykluwa się jako samce po 65-dniowej inkubacji, z płcią potomstwa określoną przez temperaturę, a nie różnice genetyczne. Matka strzeże jaja i wykopuje je, gdy zaczynają się wylęgać.
Mimo początkowej ochrony rodzicielskiej aligatory nie dostarczają pożywienia dla swoich młodych ludzi i szybko porzucają je po wykluciu, a około 80 procent traci się na bardzo wczesnym etapie życia. Zrekompensują to poprzez umieszczenie dużej liczby stosunkowo małych jaj, więc niektóre przetrwają pomimo wysokich strat.
Kobiety rodzą się większe niż mężczyźni, chociaż samce w końcu powiększają się. Jest o wiele więcej samic aligatorów niż samców, a każdy dominujący samiec kojarzy się z aż 10 różnymi samicami na swoim terytorium. Przyciąga kobiety z rykiem i dudnieniem, z których wiele znajduje się poniżej zasięgu ludzkiego słuchu i powoduje wyraźne zakłócenia w wodzie.
Aligatory są pod wieloma względami podobne do blisko spokrewnionych krokodyli. Główne różnice polegają na tym, że aligatory mają szersze pyski i tylko ich górne zęby są odsłonięte, gdy ich usta są zamknięte.
