Chert najczęściej powstaje, gdy mikrokryształy dwutlenku krzemu formują się w miękkich osadach, które z czasem zamieniają się w kredę lub wapień. Gdy duże ilości mikrokryształków dwutlenku krzemu są obecne w osadach, zaczynają zebranie się razem i może ostatecznie utworzyć całe warstwy cherta w złożu wapienia.
Chert jest skałą osadową, która składa się z dwutlenku krzemu. Zwykle występuje jako duże warstwy schowane w kredę lub wapień. Ze względu na strukturę cherta, gdy jest zepsuty, często pęka na kawałki o niezwykle ostrych krawędziach. Wcześni ludzie zauważyli tę jakość i używali tego rodzaju skał do tworzenia narzędzi skrawających i broni. Chert jest często określany jako "krzemień".
Kiedy mikrokryształy zaczynają gromadzić się w określonych osadach, ostatecznie doprowadzą do powstania chert. Te depozyty są pod tonę ciśnienia i, z czasem, będą kompresować do albo wapienia albo kredy. Kryształy dwutlenku krzemu tworzą się w osadach i są transportowane przez wody gruntowe. Kryształy zaczynają się pakować i tworzą warstwę w osadach, która ostatecznie zamienia się w warstwę cherta zmieszaną z wieloma warstwami kredy lub kamienia wapiennego. Gdy dwutlenek krzemu nie tworzy warstw, zamiast niego tworzy się nieregularne bryły w wapieniu lub kredy.
