Andrew Weil, lekarz medycyny, zaleca rozpoczęcie leczenia probiotycznego w tym samym czasie, kiedy zaczyna się przepisywanie antybiotyków. Probiotyki można przyjmować z jedzeniem podczas śniadania i kolacji, i nie należy ich przerwać aż do kilku dni. po zakończeniu rundy antybiotyków. Weil zaleca używanie marek zawierających miliardy jednostek tworzących kolonie, a także szczepów Bacillus coagulans (BC-30) lub Lactobacillus GG.
NowFoods podkreśla znaczenie ochrony integralności żywych kultur bakterii, postępując zgodnie z zaleceniami producenta dotyczącymi przechowywania. Płynne probiotyki muszą być przechowywane w lodówce, aby były świeże. Zaleca się, aby kapsułki i tabletki traktować w ten sam sposób. Jeśli nie jest to możliwe, kapsułki i tabletki należy przechowywać w chłodnym, suchym miejscu, z dala od ciepła i wilgoci. Probiotyki sprzedawane są często ze świeżymi opakowaniami, aby zarządzać ich narażeniem na szkodliwe działanie środowiska. Moc tych suplementów powoli spada w tempie około 5 procent każdego miesiąca w ciągu kilku miesięcy, aż w końcu stają się bezużyteczne. Przechowywanie probiotyków w lodówce pomaga spowolnić ten spadek i przedłuża ich skuteczność. Z tego powodu Weil radzi, aby ludzie wiedzieli o dacie wygaśnięcia probiotyków i aby je zastąpić, jeśli ta data minie.
