Średni pterodaktyl miał rozpiętość skrzydeł wynoszącą 3 stopy i ważył od 2 do 10 funtów. Pterodaktyle nie były dinozaurami, chociaż obie grupy należą do tej samej grupy naukowej, archozaury.
Pterodaktyle latały po gadziach błonami podobnymi do nietoperzy, które rozciągały się na ich przednich kończynach. Chociaż niektórzy ludzie mogą zamiennie używać terminów "pterodaktyl" i "pterozaur", pterozaury były nadrzędną grupą, której pterodaktyle były jedynie członkami. Niektóre pterozaury urosły do wielkich rozmiarów, o wysokości porównywalnej do żyraf.
Pterodaktyle zdają się należeć do mniejszych członków grupy pterozaurów. Jednak od 2015 r. Naukowcy nie odkryli żadnych skostniałych okazów pterodaktyl dorosłych, więc możliwe jest, że osoby w pełni dorosłe przekroczyły znaną rozpiętość skrzydeł i wagę. Obecnie istnieją dwa powszechnie uznane gatunki pterodaktyli: Pterodactylus antiquus i Pterodactylus longicollum. Spośród nich Pterodactylus longicollum jest największy.