Historia EFCC w Nigerii, skrót od Komisji ds. przestępstw gospodarczych i finansowych, rozpoczęła się wraz z jej utworzeniem w 2003 r. Od początku istnienia komisji udało się ścigać i skazać kilka wysokich rang osoby oskarżone o korupcję, w tym kilku dyrektorów banków i urzędników państwowych.
Do ważnych wydarzeń w historii organizacji należy również dochodzenie Iyabo Obasanjo-Bello z 2008 r., podejrzane o przekupstwo z wykorzystaniem funduszy skradzionych z Ministerstwa Zdrowia. Sprawa doprowadziła do procesu ówczesnego ministra zdrowia i jej zastępcy pod zarzutem kradzieży około 300 000 $ z niewykorzystanych środków przydzielonych do ministerstwa.
W dniu 14 września 2010 r. Abdullahi Muazu, który był szefem działu medycyny sądowej EFCC, został zamordowany w Kadunie. Przed śmiercią był aktywnie zaangażowany w procesy z udziałem kilku wpływowych szefów banków w Nigerii.
Prawna jurysdykcja EFCC w Nigerii ogranicza się do przestępstw finansowych. Od 2014 r. Komisja podlega bezpośrednio rządowi prezydenta Nigerii. Pozwala to panującemu prezydentowi na powoływanie i odwoływanie przewodniczącego EFCC. Przypadek taki wystąpił 23 listopada 2011 r., Kiedy prezydent Goodluck Jonathan zwolnił przewodniczącą Faridę Mzamber Waziri i zastąpił ją Ibrahim Lamorde.
