Podstawową różnicą między ninją a samurajem jest to, że ninja jest utalentowanym ninjutsu, a samuraj trenuje bushido. Ninjutsu to sztuka ukrycia i sabotażu stworzona do szpiegostwa. Bushido to kodeks honorowy i moralny.
Japoński folklor sugeruje, że ninja pochodzi od demona. Uczeni uważają, że ninjutsu rozwinęło się w okolicach szóstego wieku w opozycji do wczesnych feudalnych samurajów. Ninjutsu był mieszanką indochińskiej i japońskiej taktyki opracowanej przez potępionego samuraja i chińskiego mnicha. Ninjutsu zignorował kod bushido i docenił tajną akcję.
Wcześni wojownicy-samurowie wspierali bogatych właścicieli nieruchomości feudalnej Japonii. Do XII wieku samuraje zdobyli wojskową i polityczną kontrolę. Po wojnie Gempei w 1185 r. Samurajowie ustanowili szogunat Kamakura jako dyktaturę wojskową. Dyktatura trwała do XIX wieku.
Ninja może pochodzić z wyższej klasy jako zhańbiony samuraj lub z niższej klasy jako synowie rolników lub wieśniaków. Ninja ranguje od zwykłego ninja, genina, pośrednika lub chunina, do wysokiego człowieka lub jonina.
Upadek samurajów nastąpił po wprowadzeniu kultury zachodniej w Japonii w połowie XIX wieku. Japońska ustawodawca zniosła feudalizm w 1871 roku, ale kodeks bushido był widoczny w kulturze japońskiej podczas II wojny światowej.
