Cząsteczka to grupa dwóch lub więcej połączonych ze sobą atomów, natomiast związek to grupa dwóch lub więcej atomów połączonych ze sobą, w których atomy pochodzą z co najmniej dwóch rodzajów pierwiastków. Wszystkie związki są również cząsteczkami, ale wszystkie cząsteczki nie są związkami.
Na przykład, wzór H2O jest zarówno cząsteczką, jak i związkiem, ale H2 jest tylko cząsteczką, ponieważ zawiera tylko atomy wodoru. W chemii nieorganicznej termin cząsteczka jest zazwyczaj ograniczony do związków o ładunku obojętnym, podczas gdy termin jon odnosi się do wiązanych atomów z ładunkiem dodatnim lub ujemnym.
