Struktura związana z błoną, która zawiera enzymy trawienne, to lizosom. Lizosomy zawierają enzymy rozkładające makrocząsteczki organiczne, takie jak węglowodany, tłuszcze i białka. Wszystkie komórki zwierzęce zawierają lizosomy, ale są one najbardziej obecne w komórkach układu odpornościowego, takich jak białe krwinki.
Około 40 różnych enzymów trawiennych znajduje się w obrębie lizosomu. Enzymy te są wytwarzane przez organelle zwane rybosomami, które są przyłączone do retikulum endoplazmatycznego i umieszczane w paczkach przez ciała Golgiego. Wewnętrzna lub matryca lizosomu ma kwaśne pH około 4,8, co jest optymalnym środowiskiem dla enzymów. Poza lizosomem enzymy te stają się niegroźne, ponieważ pH nie jest kwaśne i nie wspiera prawidłowego funkcjonowania enzymów lizosomalnych.
