Aligator wykazuje wiele dostosowań, w tym ukrytą skórę, płetwiaste palce, duży ogon i dobrze umiejscowione oczy i nozdrza. Mięśniowe szczęki i ostre zęby umożliwiają aligatorowi chwytanie zdobyczy i rozdarcie cielesnej skóry .
Aligator jest przystosowany do życia w wodzie z dużym ogonem i palcami. Jego ogon jest płaski i działa bardzo podobnie do wiosła, napędzając go szybko przez wodę. Częściowo płetwiaste palce pomagają chodzić po błotnistych obszarach bez zatonięcia. Potężne pazury mają wiele zastosowań, takich jak pomoc aligatora w wykopywaniu gniazd.
Aligator ma zarówno oczy, jak i nozdrza, które znajdują się na czubku głowy. W ten sposób aligator może pozostać prawie zanurzony w wodzie, jednocześnie będąc w stanie oddychać. Co więcej, ukrywa to aligatora przed wzrokiem możliwej ofiary. Nawet części gada znajdujące się nad wodą pokryte są gałkami i wypukłościami, które sprawiają, że aligator wygląda jak nieszkodliwy kawałek roślinności.
Kiedy aligator całkowicie zanurza się w wodzie, ochronna membrana zakrywa oczy tak, że może widzieć pod wodą. Może również zamknąć uszy. Aligator ma specjalną strukturę, która zamyka się nad tchawicą i utrzymuje płuca w stanie wolnym od wody podczas nurkowania.