Główne części wód w Pensylwanii to jezioro Erie, rzeka Delaware, jezioro Conneaut, jezioro Wallenpaupack, rzeka Susquehanna, rzeka Allegheny, rzeka Monongahela i rzeka Ohio. Rzeka Beaver, Clarion i Youghiogheny są ważnymi dopływami systemu rzecznego Allegheny-Monongahela-Ohio.
W stanie Pensylwania znajduje się około 250 naturalnych jezior. Większość z nich znajduje się w północno-wschodnich i północno-zachodnich regionach. Pensylwania posiada jurysdykcję ponad 21 mil kwadratowych Pymatuning Reservoir, położonego na granicy stanu Ohio. Prawie 46 procent wody z Appalachów jest osuszane przez rzekę Susquehanna i jej dopływy. Wschodnią granicę Pensylwanii tworzy rzeka Delaware, a jej zachodnia część jest osuszana przez rzeki Allegheny i Monongahela.
