Klinika Mayo twierdzi, że wirusy i bakterie powodują większość przypadków zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych. W rzadkich przypadkach, grzyby, reakcje chemiczne, choroby zapalne, nowotwory i alergie na leki powodują ten stan.
Klinika Mayo utrzymuje, że zakażenie wirusowe powoduje większość przypadków rdzeniowego zapalenia opon mózgowych. Wirusowe zapalenie opon mózgowych jest zwykle łagodne i leczy się bez leczenia. Bakteryjne zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych jest cięższe i wymaga leczenia antybiotykami. Streptococcus pneumoniae i neisseria meningitidis są szczepami bakterii, które powodują odpowiednio zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych i meningokokowe. Obu można zapobiec poprzez szczepienie. Haemophilus influenzae, który wywołuje zapalenie opon mózgowych, jest inną odmianą, której można zapobiegać za pomocą szczepionki. Listeria monocytogenes, bakteria występująca w przetworzonych mięsach i miękkich serach, powoduje listerię, rzadką postać zapalenia opon mózgowych. Większość zdrowych osób nie jest dotknięta bakteriami listerii, ale kobiety w ciąży i osoby z obniżoną odpornością muszą unikać pokarmów, które mogą być skażone.
Według Kliniki Mayo grzybowe formy rdzeniowego zapalenia opon mózgowych są najczęstsze u osób z osłabionym układem odpornościowym. Można leczyć lekami przeciwgrzybiczymi. Zapalenie opon mózgowych od przyczyn niezakaźnych, takich jak rak czy leki, nie jest zakaźne. Jego leczenie zależy od przyczyny i często obejmuje zastrzyki kortyzonu w celu zmniejszenia stanu zapalnego. W wielu przypadkach niezakaźne zapalenie opon mózgowych ustępuje samoistnie, gdy przyczyna zostanie usunięta lub zniesiona.