Istnieją dwa podstawowe rodzaje akwakultury, którymi są akwakultura słodkowodna i morska. Akwakultura jest również określana jako hodowla skorupiaków lub hodowla ryb i obejmuje cały proces hodowli, hodowli i zbioru różnych gatunków ryb. organizmy w środowisku wodnym. Akwakultura obejmuje rozmnażanie wielu organizmów, w tym wielu gatunków roślin i zwierząt wodnych.
Akwakultura morska to proces pozyskiwania ryb i roślin wodnych w siedliskach wody morskiej. W Stanach Zjednoczonych akwakultura morska obejmuje na ogół produkcję skorupiaków, takich jak ostrygi, małże i małże, a także ryby, takie jak łosoś, dorsz, labraks, dorada i moi. W akwenach oceanicznych akwakultura morska obejmuje zazwyczaj zakładanie klatek na dnie oceanu lub zawieszanie dużych klatek ze sztucznych struktur, takich jak sieci i duże boje. Środowiska oceaniczne można także symulować w warunkach naziemnych za pomocą urządzeń stworzonych przez człowieka, takich jak małe stawy lub pogłębione jeziora.
Wielkość systemów akwakultury jest bardzo zróżnicowana; niektóre systemy są wystarczająco małe, aby wychować małe populacje, podczas gdy inne są wykorzystywane do produkcji roślin i zwierząt w celach komercyjnych. Systemy akwakultury słodkowodnej mogą generować gatunki występujące w określonych siedliskach słodkowodnych, takich jak strumienie, jeziora i rzeki. W Stanach Zjednoczonych akwakultura słodkowodna obejmuje zazwyczaj hodowlę sumów, basów, pstrągów i tilapię.