Tylko w Pokémon Black można złapać Weedle, Kakunę, Beedrill, Murkrow, Houndour, Houndoom, Shroomish, Breloom, Plusle, Volbeat, Cottonee, Whimsicott, Gothita, Gothorita, Gothitelle, Vullaby, Mandibuzz, Tornadus i Reshiram. Tylko w Pokémon White można złapać: Caterpie, Metapod, Butterfree, Paras, Parasect, Misdreavus, Poochyena, Mightyena, Minum, Illumise, Petilil, Lilligant, Solosis, Duosion, Reuniclus, Rufflet, Braviary, Thundurus i Zekrom. Istnieją również pewne zmiany estetyczne i konkretne bitwy, które są różne.
The Legendary Pokémon, który dołącza do gracza, aby walczyć z tajemniczą postacią "N", zależy od tego, którą grę ma gracz. Grając Pokémon White, gracz otrzymuje czarny Pokémon typu Elektrycznego i Smoczego o nazwie Zekrom. Podczas grania w Pokémon Black, gracz otrzymuje biały Resiram Pokémon Resone'a z Ogniem i Smokiem.
The Legendary Weather Trio Pokémon, którego gracz spotka, zależy również od wersji gry, w którą gra. Gracze z Pokémon Black spotykają się z Thundurusem, a gracze z Pokémon White spotykają Tornadusa. Oba te Pokémony są potrzebne, aby uzyskać dostęp do Landorus, więc gracz musi dokonać wymiany pomiędzy wersjami gry, aby je uzyskać.
Poza faktem, że każda wersja ma pewne ekskluzywne Pokémon, istnieją różnice estetyczne między Opelucid City i Mistralton City. Drayden jest liderem siłowni Opelucida w Pokémon Black, ale w Pokémon White to Iris.
Serebii wyjaśnia, że w Pokémon Black znajduje się strefa przemysłowa zwana Czarnym Miastem; ale w Pokémon White zastępuje go obszar zwany Białym Lasem. W Pokémon Black miasta wydają się bardziej zaawansowane i futurystyczne. Budynki mają neony, automatyczne drzwi i szklarnie. W Pokémon White miasta są bardziej wiejskie i tradycyjne. Budynki mają omszałe kamienne ścieżki, stodoły i ogrody.
Według Bulbapedii w obu grach jest postać o imieniu Charles łamacz serc. W Pokémon Black rzuca wyzwanie graczowi w bitwę rotacyjną; aw Pokémon White rzuca wyzwanie graczowi potrójnej bitwie.
