Głębokie czyszczenie zatrzymuje postęp choroby przyzębia, zapobiega niszczeniu kości i tkanki podtrzymującej zęby i zachęca do odrastania dziąseł. Głębokie czyszczenie nie jest tożsame z rutynowym czyszczeniem zębów i jest korzystne tylko dla pacjentów z chorobą dziąseł lub płytką nazębną, które zostały wykryte poniżej linii dziąseł.
Bakterie i powstałe płytki nazębne i kamień nazębny, które tworzą się na zębach, które nie są usuwane przez zwykłe czyszczenie dentystyczne, znajdują się poniżej linii dziąseł, powodując zapalenie, które powoduje oderwanie dziąseł od zębów, tworząc kieszenie. Kieszenie te zatrzymują żywność i bakterie, komplikując problem, gdy infekcja i zapalenie działają na korzeń zęba i kości wspomagające ząb.
Podczas głębokiego czyszczenia, strugania i skalowania za pomocą narzędzia skrobiącego lub narzędzia ultradźwiękowego zdrapuje bakterie, płytki nazębne i kamień nazębny od dziąseł i zęba aż do korzeni. Pozostawia to gładką powierzchnię zęba, aby przywrócić dziąsła. Antybiotyki są przepisywane do stosowania przed i po zabiegu, lub można pozostawić kawałek błonnika antybiotykowego między dziąsłami a zębami, aby leczyć istniejącą infekcję i zapobiegać infekcjom od wszelkich bakterii, które przedostają się do krwioobiegu podczas głębokiego czyszczenia.