Profilowanie DNA ma tę zaletę, że pomaga zidentyfikować potencjalne choroby genetyczne i pomaga funkcjonariuszom organów ścigania zidentyfikować przestępców. Wady profilowania DNA obejmują możliwość wystąpienia błędu i możliwość wykorzystania informacji w niecnych celach.
Profilowanie DNA jest często używane przez pary, które rozważają posiadanie dzieci, ale martwią się chorobą genetyczną. Pozwala to tym parom określić ryzyko narodzin ich dzieci z tymi chorobami i może pomóc uniknąć ogromnego cierpienia. Jednak ryzyko błędu w tych wynikach testu może spowodować, że pary podejmują decyzje na podstawie fałszywych informacji.
Profilowanie DNA jest często wykorzystywane do celów egzekwowania prawa. Umożliwia policji rzetelną identyfikację podejrzanych i może pomóc wyeliminować niewinnych ludzi z puli podejrzanych. Pojawienie się bardziej niezawodnego profilowania DNA pomogło policji w rozwiązywaniu morderstw na przestrzeni dziesięcioleci po ich wystąpieniu. Uniewinniono też niewinnych ludzi, którzy zostali niesłusznie skazani.
Istnieją jednak obawy dotyczące prywatności i sposobu korzystania z tych danych. Niektórzy martwią się, że rządy mogą wykorzystywać rekordy DNA do dyskryminacji grup, które uważają za niepożądane. Informacje są przechowywane w komputerowych bazach danych, więc mogą być podatne na ataki hakerów. Profilowanie DNA może również być podatne na błędy lub zanieczyszczenia, które skutkują fałszywym dopasowaniem, sugerującym niewinną osobę. Można go również sadzić na miejscu zbrodni i sprawić, że niewinna osoba oczyści jego nazwisko prawie zupełnie.