Wady modelu zorientowanego obiektowo obejmują nieznajomość i niedobór doświadczonych programistów, ograniczony konsensus dotyczący standardów użytkowania, niską wydajność w przypadku prostych danych oraz ograniczoną dostępność odpowiednich narzędzi i wsparcia. Większość wad modelu obiektowego wynika z jego nowości na rynku.
Model obiektowy jest ostatnią praktyką, począwszy od 2015 r., w porównaniu do bardziej powszechnego modelu relacyjnej bazy danych. Daje to bardzo mało czasu na dojrzewanie, co prowadzi do ograniczonej liczby doświadczonych programistów i wsparcia. Model obiektowy koncentruje się na przechowywaniu złożonych struktur danych zwanych obiektami. Dzięki temu jest mniej wydajne, gdy jest używane na prostych rekordach danych z prostymi relacjami.
Kolejną wadą tego modelu jest to, że trudno go wdrożyć wyłącznie. Jest to prawdą, ponieważ modele obiektowe używają złożonych typów danych w przeciwieństwie do modeli relacyjnych, które obejmują proste struktury, takie jak tabele i powiązane indeksy. Relacyjne bazy danych są produktem matematycznej teorii mnogości, ale modele obiektowe nie mają silnej podstawy matematycznej.
Od 2015 roku programiści są skłonni do modeli obiektowo-relacyjnych, które są hybrydami tych dwóch. Te ORMy zyskują na popularności od 2015 roku, ponieważ są wspierane przez wypróbowane i przetestowane silniki baz danych, a także dają możliwości mapowania obiektów.
