Podczas elastycznej cystoskopii mężczyźni mogą odczuwać dyskomfort, gdy lekarz wprowadza cystoskop do cewki moczowej i pęcherza moczowego, i może odczuwać drobne uszczypnięcie, jeśli lekarz wykona biopsję, stwierdza WebMD. dwa dni pacjenci mogą odczuwać ból cewki moczowej i pieczenie podczas oddawania moczu.
Od 2015 roku badania wykazują, że pacjenci odczuwają największy ból podczas elastycznej cystoskopii, gdy cystoskop przechodzi przez cewkę moczową, rejestrując średni wynik bólu 2,82 w skali od 1 do 10. Wynik bólu wynosił od 0,14 do 0,33 przy innym razem podczas procedury, zauważa National Center for Biotechnology Information. Gdy cystoskopia ma miejsce w gabinecie lekarskim, pacjenci, którzy widzą procedurę na ekranie wideo, gdy występują, doświadczają około 40 procent mniej bólu niż pacjenci, którzy nie widzą procedury.