Dwa kraje z kwadratowymi flagami to Szwajcaria i Watykan. Flaga szwajcarska jest widoczna na igrzyskach olimpijskich z proporcjami prostokątów 2: 3, które pasują do flag innych krajów.
Flaga Szwajcarii jest kwadratowa i koloru czerwonego z białym krzyżem. Na morzu stosuje się jednak szwajcarski chorąży marynarki wojennej; ma proporcje prostokątne 2: 3 zamiast proporcji 1: 1. Flaga jest utrzymywana w standardowych kwadratowych proporcjach, gdy jest ona wysyłana poza siedzibę U.N. w Nowym Jorku i Genewie.
Flaga Watykanu jest podzielona pionowo z żółtą po lewej stronie i białą po prawej stronie. Na białej prawej stronie widnieje emblemat z dwoma skrzyżowanymi klawiszami z papieską tiarą. Emblemat jest odniesieniem do kluczy wymienionych w Nowym Testamencie Biblii i symbolizuje: dostęp Świętego Piotra do królestwa niebieskiego lub panowanie papiestwa w sprawach doczesnych i duchowych. Flaga Watykanu była czerwona i złota, ale została zmieniona na żółte i białe paski na początku XIX wieku. Miał również reprezentacje św. Piotra i Pawła.
