Japonia jest częścią kontynentu Azja. Jest to państwo wyspiarskie położone na wschód od Rosji, Chin i Korei Północnej i Południowej.
Ciała wody oddzielające Japonię od kontynentalnej części Azji to Morze Japońskie, Morze Wschodniochińskie i Morze Ochockie. Wody na wschód od Japonii są częścią północnego Pacyfiku. Japonia ma łączną powierzchnię 145 925 mil kwadratowych, z 18 486 milami linii brzegowej. Główną wyspą Japonii jest Honshū z innymi głównymi wyspami, w tym Sikoku, Hokkaidō i Kyūshū. Kraj składa się z 2456 wysp.