Lekarze nie znają dokładnej przyczyny poprzecznego zapalenia rdzenia kręgowego, ale stan ten zwykle występuje po infekcji lub jako powikłanie innego stanu, zgodnie z National Institute of Neurological Disorders and Stroke. Poprzeczne zapalenie rdzenia kręgowego jest również pierwszą oznaką zaburzenia ośrodkowego układu nerwowego u niektórych pacjentów, a niektóre przypadki tego stanu są wynikiem nieprawidłowej odpowiedzi immunologicznej wywołanej przez raka.
Poprzeczne zapalenie rdzenia kręgowego może wystąpić jako powikłanie choroby z Lyme, szczepień przeciwko ospie wietrznej, kiły i odry, zauważa Narodowy Instytut Neurologicznych Zaburzeń i Udaru. Infekcje wirusowe, które mogą prowadzić do choroby obejmują półpaśca, Epstein-Barr, opryszczkę pospolitą, wirus zapalenia wątroby typu A i grypę. Infekcje bakteryjne, takie jak infekcje ucha środkowego, mogą również prowadzić do poprzecznego zapalenia rdzenia kręgowego. Niektórzy pacjenci z poprzecznym zapaleniem rdzenia mają również chorobę autoimmunologiczną, taką jak sarkoidoza i zespół Sjorgrena.
Pacjenci ze stwardnieniem rozsianym lub zapaleniem nerwu optyk czasem doświadczają poprzecznego zapalenia szpiku jako symptomu, wyjaśnia Narodowy Instytut Neurologicznych Zaburzeń i Udaru. W stwardnieniu rozsianym objaw poprzecznego zapalenia rdzenia zwykle dotyczy tylko części rdzenia kręgowego. Z drugiej strony, pacjenci z zapaleniem nerwu wzrokowego optica doświadczają zarówno utraty wzroku, jak i poprzecznego zapalenia szpiku, które wpływa na cały rdzeń kręgowy.