Kojoty są przede wszystkim mięsożercami i głównie jedzą małe i duże ssaki, chociaż polują również na ptaki, węże, jaszczurki, płazy, skorupiaki, ryby i owady. Kiedy świeże mięso nie jest dostępne, jedzą padlinę, w tym kanibalizują zmarłych swoich gatunków. Czasami żywią się różnorodnymi owocami i warzywami.
W pojedynkę kojoty polują na różnego rodzaju króliki i gryzonie. W parach lub paczkach polują na duże ssaki, takie jak jelenie, żubry, łosie, owce, młode czarne niedźwiedzie i górskie lwy. Kojoty mają doskonały węch i używają go do śledzenia zdobyczy. Kiedy są blisko, śledzą zdobycz i rzucają się na nią. Czasami jednak ścigają swoją zdobycz, ponieważ są jednymi z najszybszych ssaków w Ameryce Północnej, zdolnych do biegania do 40 mph. Gdy są blisko ludzkich siedzib, kojoty często polują na domowe zwierzęta gospodarskie, takie jak owce, kozy, bydło i drób. Czasami kojoty atakują domowe zwierzęta domowe.
Aby uzupełnić dietę mięsożerną i uzyskać dodatkową wilgotność w suchych porach roku, kojoty jedzą owoce i warzywa, takie jak arbuzy, kantalupa, jabłka, brzoskwinie, gruszki, kolczaste gruszki, jeżyny i jagody. Czasami napadają na domowe melony w poszukiwaniu wilgoci. Wiadomo też, że jedzą zboża, takie jak kukurydza i pszenica.
