Podstawową funkcją szyszynki jest wydzielanie melatoniny, która odgrywa rolę w regulacji cyklu snu i rozwoju seksualnego. Szyszynka pomaga również regulować funkcje hormonalne i przekształcać sygnały nerwowe w sygnały endokrynologiczne.
Przez wiele lat naukowcy i lekarze byli zdezorientowani tym, co robi szyszynka, długo po odkryciu funkcji pozostałych narządów endokrynologicznych. Naukowcy nie są całkowicie pewni pełnej roli, jaką szyszynka odgrywa w organizmie, chociaż teraz wierzą, że ma ona głównie związek z wydzielaniem melatoniny, która jest jedynym znanym hormonem, który produkuje.
Wydzielanie melatoniny jest regulowane przez światło, ponieważ szyszynka wytwarza wysokie poziomy, gdy jest ciemno i przestaje wytwarzać je, gdy jest światło.
Szyszynka od dawna znana jest jako "trzecie oko" ze względu na położenie w pobliżu centrum mózgu. Jest to mały, czerwonawo-szary organ, który ma kształt sosnowego stożka i właśnie ten kształt nadaje nazwę szyszynce. Wraz z wiekiem gruczoł szyszynowy często ulega zwapnieniu z powodu złogów fosforu, wapnia i fluorków, które narastają wraz z upływem czasu.