Merle Chihuahua to Chihuahua z pstrokatym płaszczem. Merle to wzór płaszcza występujący w wielu domowych rasach domowych; składa się z ciemniejszych plam koloru na jaśniejszym tle o tym samym odcieniu.
W Chihuahua merle jest silnie związany z wieloma problemami zdrowotnymi. Jest związana z głuchotą i zaburzeniami widzenia oka, czaszki i układu rozrodczego. Kilka krajów, w tym wszystkie 83 kraje, które stosują europejskie standardy FCI, zakazują rejestracji rasy Meru Chihuahua w celu zapobieżenia dalszemu rozmnażaniu. Od 2014 r. American Kennel Club akceptuje dowolny płaszcz lub wzór w Chihuahua o jakości pokazowej, w tym merle.
