Niektóre gatunki nietoperzy hibernują, a inne są aktywne przez cały rok. Nietoperze, które żyją w obszarach, w których owady wyginą w okresie zimowym, mają tendencję do hibernacji z powodu wyczerpywania się źródeł żywności, a nietoperze w obszarach tropikalnych z niezawodna całoroczna zdobycz zwykle nie jest w stanie hibernacji.
Nietoperze tarzają się w kule podczas hibernacji, a zwykle hibernują na ścianach lub sufitach jaskiń. Niektóre gatunki nietoperzy hibernują do sześciu miesięcy, utrzymując zaledwie kilka gramów rezerw tłuszczu. Ich zdolność do obniżania temperatury ciała i spowolnienia metabolizmu i tętna pozwala im na hibernację przez tak długi czas. Podczas hibernacji nietoperze tracą zazwyczaj połowę całkowitej masy ciała.
