Istnieje ponad 1000 gatunków nietoperzy i dwa podrzędne. Pierwszy składa się z nietoperzy owocowych, znanych również jako latające lisy. Drugi podrząd to mikrochiroptera.
Jak sugeruje ich nazwa, latające lisy to nietoperze o lisowatych twarzach i dużych oczach. Żyją w Starym Świecie. Mikrochiroptera to względnie małe nietoperze, które odnajdują swoje pożywienie dzięki echolokacji. Żyją na całym świecie, z wyjątkiem Antarktydy i Arktyki.
Większość nietoperzy mikrochiroptera je owady, podczas gdy większość nietoperzy owocowych je owoce lub pyłki. Przynajmniej jeden gatunek nietoperza zjada ryby. Inny gatunek, osławiony nietoperz wampiryczny, odżywia się krwią.