Najsławniejszy eksperyment Erwina Chargaffa polegał na badaniu składników tworzących DNA. Jego praca z różnymi bazami DNA udowodniła, że DNA pozostaje takie samo w organizmie, ale różni się między różnymi organizmami. Było to sprzeczne z poprzednią myślą naukową, która mówiła, że DNA jest takie samo we wszystkich organizmach i nie uwzględnia różnorodności genetycznej.
Istnieją dwie różne kategorie zasad w strukturze DNA: puryn i pirymidyn. Najsłynniejszy eksperyment Chargaffa ustalił, że te dwa typy zasad pojawiły się w stosunku jeden do jednego. Istnieją cztery różne zasady: adenina, tymina, guanina i cytozyna. Chargaff był w stanie udowodnić swoim eksperymentem, że istnieje stosunek jeden do jednego pomiędzy adeniną i tyminą oraz stosunek jeden do jednego pomiędzy guaniną i cytozyną.
Chargaff zbadał DNA z różnych narządów w tym samym organizmie i odkrył, że proporcje różnych składników w ich DNA były spójne dla narządów i wewnątrz poszczególnych organizmów. Jednak gdy spojrzał na stosunki baz DNA różnych gatunków, różniły się; to pozwoliło mu dojść do wniosku, że skład DNA jest specyficzny dla gatunku. Eksperymenty Chargaffa były ważne, ponieważ James Watson, Francis Crick i Maurice Wilkins byli później w stanie wykorzystać opracowane przez siebie informacje do odkrycia podwójnej helisy DNA.
