Chociaż są one czasami nazywane "niebiesko-zielonymi algami", cyjanobakterie nie są roślinami i są prokariotami, podczas gdy zielone algi są roślinami i są eukariotami. Oba rodzaje organizmów uzyskują energię z fotosyntezy, ale cyjanobakterie nie mają jądra otoczonego błoną, którego brak jest strukturalną cechą prokariotów. W przeciwieństwie do zielonych alg, cyjanobakterie nie zawierają chloroplastów.
Zielone algi posiadają jądro zamknięte w błonie, co klasyfikuje je jako eukarioty. Zielone komórki alg są również znacznie większe niż komórki prokariotyczne. Podobnie jak rośliny lądowe, zielone glony posiadają chloroplasty, ale nie mają zróżnicowanych tkanek, które umożliwiłyby im przystosowanie się do życia na lądzie i muszą żyć i rozmnażać się w wodzie.
Chociaż nie są roślinami, cyjanobakterie zawierają chlorofil, a wiele z nich to tlenowe fototrofy, które należą do klasy bakterii, które mogą produkować własną żywność w procesie fotosyntezy. Ich komórki nie mają wewnętrznych przedziałów i są wypełnione fotosyntetycznymi pigmentami. Niektóre gatunki cyjanobakterii mogą rosnąć w ciemności, używając sacharozy i glukozy jako źródła energii i węgla.
Niektóre z najstarszych skamielin są połączonymi koloniami cyjanobakterii i ogólnie uznaje się, że odegrały kluczową rolę w ewolucji zależnego od tlenu życia lądowego. Znane jako wysoce tolerancyjne na ekstremalne warunki, cyjanobakterie były pierwszymi fototrofami wytwarzającymi tlen, które wyewoluowały na Ziemi i pomogły przekształcić anoksyczne środowisko w jedno wspomagające organizm, który wymaga tlenu do oddychania.
