Bakterie i pierwotniaki są bardzo blisko spokrewnione, a bakterie sklasyfikowane jako prokarioty i protisty jako eukarionty. Oznacza to, że pierwotniaki są bardziej spokrewnione z ludźmi niż te, które są bakteriami. Te dwa organizmy różnią się strukturalnie. W komórkach bakterii brakuje jądra, a pierwotniaki zawierają organelle, takie jak mitochondria.
Bakterie są na ogół mniejsze niż pierwotniaki, które często żywią się bakteriami. Wszystkie pierwotniaki "jedzą", ogarniając swoją zdobycz w małych kieszonkach nazywanych wakuolami, podczas gdy bakterie mogą wchłaniać składniki odżywcze przez ich ściany komórkowe. Bakterie prawie zawsze rozmnażają się poprzez proste rozszczepienie binarne. Podczas gdy niektóre pierwotniaki również używają tej metody, niektóre dzielą się na więcej niż dwa potomstwo, a niektóre rozmnażają się seksualnie.
