Źródło rzeki Missouri znajduje się na Źródle Brower w źródle dopływu znanego jako Rzeka Jeffersona. Wiosna Browna została odkryta w górach stulecia przez Jacoba V. Browera w 1890 roku.
Źródło rzeki określa się jako punkt na rzece, który jest najdalej od jej końca. Jednak kiedy Lewis i Clark dotarli do obszaru, który jest teraz parkiem stanowym Missouri Headwaters, Lewis zdecydował, że żaden z tych trzech widelców nie przewyższał innych i powiedział, że lokalizacja przy trzech widłach była źródłem Missouri. Dlatego określenie źródła Missouri wymagało od Lewisa i Clarka Trail Heritage Foundation określenia, który z trzech dopływów jest najdłuższy.