Wartość systemu Nintendo 64 wynosi od 28 do 999,99 USD w 2014 roku. Cena zależy od modelu, koloru i stanu systemu. Systemy Nintendo 64 są bardziej wartościowe, jeśli nadal są w oryginalnym opakowaniu.
Model o najniższej wartości to standardowy system Nintendo 64 w stanie używanym. Najcenniejszym modelem jest system Atomic Black Nintendo 64 w oryginalnym opakowaniu. Po otwarciu Nintendo 64 jego wartość dramatycznie spada. System Atomic Black Nintendo 64 ma wartość 59,39 USD w stanie używanym i 999,99 USD w nowym stanie. Systemy Nintendo 64 są sprzedawane online oraz w elektronicznych salonach sprzedaży w całym kraju.