Aligator dostosowuje się do otoczenia, opierając się na jego zakamuflowanej skórze, położeniu oczu i nozdrzy, zdolności do zamykania uszu i specjalistycznych narządach. Płuca i serce aligatora są przystosowany do długich okresów przebywania zanurzonych w wodzie.
Jedna z adaptacji aligatora dla jego otoczenia polega na wyspecjalizowanych płucach i sercu, które umożliwiają mu bezpieczne zanurzenie się w wodzie. Płuca są chronione przez strukturę, która uniemożliwia dostanie się do nich wody, nawet gdy usta są otwarte. Serce jest w stanie oddzielić natlenowaną i odtlenioną krew i wysłać bogatą w tlen krew do mózgu, dzięki czemu aligator może pozostawać pod wodą przez długi czas.
Oczy, nos i uszy aligatora są również dostosowane do wodnego środowiska. Zarówno jego nozdrza, jak i oczy znajdują się na czubku głowy, dzięki czemu mogą być niemal całkowicie zanurzone i nadal oddychać przez nozdrza. Gdy oczy są zanurzone, membrana chroni je i umożliwia obserwację aligatora.
Kolejną adaptacją jest skórka aligatora. Szare zabarwienie oraz guzy i nierówności na ciele pozwalają mu wtopić się w otoczenie, często nadając aligatorowi wygląd kłody i pozwalając jej podkradać się na zdobycz.
