Ankylozaur wyginął wraz z innymi wielkimi dinozaurami podczas zderzenia kredowego-paleogenu, które miało miejsce około 66 milionów lat temu. Podczas gdy niektóre pytania pozostają o tym, co spowodowało to wyginięcie, dowody geologiczne sugerują, że przynajmniej jedna masywna asteroida lub kometa uderzyła w Ziemię, wysyłając fale uderzeniowe przez atmosferę i drastycznie zmieniając klimat.
Najwcześniejsze skamieniałości ankylozaurów pochodzą z 66,5 miliona lat, co oznacza, że ten gatunek jest jednym z ostatnich, które pojawiły się przed masowym wymarciem, które zmiotło dinozaury. Większość istniejących skamieniałości tego gatunku znaleziono w Wyoming, Montanie i Kanadzie.
Hipoteza Alvareza jest wiodącym wyjaśnieniem tego, co zmiotło dinozaury. Twierdzi, że bardzo duża asteroida uderzyła w Ziemię, wywołując wydarzenia, które spowodowały upadek ekosystemu dinozaurów. Odkrycie ogromnego krateru na półwyspie Jukatan i obecność irydu w ogólnoświatowym osadzie w czasie tego wydarzenia dostarcza mocnych dowodów na poparcie hipotezy. Iridium jest niezwykle rzadkim metalem występującym tylko w asteroidach, a jego obecność pod koniec okresu kredowego sugeruje, że co najmniej jedna masywna skała rozbił się na Ziemi w tym czasie. Krater Jukatanu nie jest jednak jedynym dużym kraterem z tego okresu, prowadzącym niektórych paleontologów i geologów, którzy sugerują, że nie jeden, ale seria uderzeń zniszczyła Ziemię i zabiła dinozaury.
