Od 2014 r. nie ma definitywnej odpowiedzi na pytanie, jak długo HPV może pozostawać w stanie uśpienia w organizmie, zgodnie z australijskim rządowym departamentem zdrowia. Wirus może być uśpiony przez wiele lat przed aktywacją.
Po aktywacji organizm zazwyczaj oczyszcza infekcję w ciągu jednego lub dwóch lat, zgodnie z australijskim rządowym departamentem zdrowia. U niektórych kobiet HPV może pozostawać w komórkach szyjki macicy i zwiększać ryzyko raka szyjki macicy. Niektóre szczepy wirusa HPV są odpowiedzialne za wywoływanie brodawek narządów płciowych, podczas gdy większość innych szczepów nie powoduje żadnych objawów u większości ludzi.
