Nie można podróżować w kosmos w Pokémon Emerald. Gracze odwiedzają Mossdeep Space Center w trakcie gry, ale nie mogą wejść na pokład rakiety, aby wejść w kosmos.
Pogłoski, że można wejść w kosmos prawdopodobnie zaczęły się od Pokemonów, które podobno pochodzą z kosmosu. Deoxys jest jednak dostępny w grze Birth Island w tej grze. Testowe premiery są przeprowadzane okresowo na stacji, a naukowiec podaje aktualną liczbę udanych testów, ale gracz nie może w żaden sposób uczestniczyć w nich. Liczba, którą podaje naukowiec, odpowiada liczbie tygodni, które minęły od rozpoczęcia bieżącej gry.
W trakcie gry Drużyna Magma przejmuje Centrum Kosmiczne, a gracz musi je odebrać. Wydarzenie to następuje krótko po tym, jak gracz zdobędzie Umysłową Odznaka z Mossdeep Gym. Gdy drużyna Magma przejmie kontrolę nad obiektem, gracz musi usunąć całą drużynę Team Magma Grunts z pierwszego piętra. Gdy to zrobisz, gracze mogą przejść na drugie piętro, gdzie spotykają się ze Stevenem Stone'em. Stone dołącza do gracza w podwójnej walce z Maxie i Tabathą.
