Celem Clue Jr. jest dowiedzieć się, jakie dziecko ukrywa się w jakim pomieszczeniu. Aby rozwiązać zagadkę, gracz musi odwiedzić wszystkie pokoje, otworzyć drzwi, aby znaleźć ukryte wskazówki, i wykreślić dzieci, zwierzęta domowe i pokoje, które znajduje tam z notatnika detektywa. Za każdym razem, gdy przedmiot zostanie skreślony z listy, dziecko, pokój lub zwierzę zostaje wyeliminowane.
Gracz kręci obrotem liczb w swojej turze i przesuwa swój kawałek o odpowiednią liczbę pól w dowolnym kierunku. Kiedy ląduje na dywanie przed którymkolwiek z pokojów, może otworzyć drzwi. Wszelkie przedmioty tam widziane powinny zostać wykreślone z jej notatnika detektywa. Pozostaje tam do następnej tury, kiedy może się zakręcić i znów ruszyć. Kiedy ląduje na tajnych schodach, przechodzi przez przejście i wychodzi z pomieszczenia po drugiej stronie planszy.
Gracze ciągle się obracają, dopóki gracz nie ma tylko jednego dziecka, jednego pokoju i jednego zwierzaka pozostającego w swoim notatniku detektywa. Gracz powinien powiedzieć pozostałym graczom zwierzaka, dziecka i pokoju, które pozostają w swoim notatniku. Jeśli pasują one do kart w przezroczystych niebieskich drzwiach odsłaniających, wygrywa. Jeśli nie pasują, jest ona poza grą i gra trwa, dopóki inny gracz nie zgadnie poprawnie.
