Krokodyle rozmnażają się przez kopulację. Kopulacja zazwyczaj występuje w wodzie, a jeśli dojdzie do zapłodnienia, krokodyl żeński zajdzie w ciążę, a następnie złoży jaja.
Kopulacja krokodyla nie ma miejsca, dopóki nie pojawi się nieco skomplikowane zaloty. Męski krokodyl ociera ciało o samicę, a jeśli jest chłonna, wykonuje wokalizacje, aby wiedział, że należy kontynuować.
Samica krokodyla składa od 12 do 48 jaj w gnieździe po kryciu. Krokodyle nilowe kopią dziurę, następnie odkładają jajka i uzupełniają je brudem. Słonowodne krokodyle budują kopiec ziemi i roślin, aby umieścić jajka.
Jaja wykluwają się po 2 do 3 miesiącach, kiedy młode krokodyle są w pełni rozwinięte.