Wypełnienie Pokédexu w "Pokémon FireRed" wymaga zebrania wszystkich zwykłych Pokémonów w grze, wszystkich legendarnych Pokemonów i niektórych innych Pokémonów, które można zdobyć tylko poprzez handel z innymi graczami. Strona strategii Bulbapedia, wiele Pokémonów można znaleźć tylko w wersji gry LeafGreen i można je uzyskać tylko poprzez wymianę z graczem, który jest właścicielem tej wersji.
Zgodnie ze stroną strategii Psypoke, na różnych poziomach gry znajduje się dziesięć legendarnych Pokémonów. Articuno znajduje się na najniższym poziomie Wysp Seafoam. Zapdos znajduje się przy wyjściu z elektrowni. Moltres znajduje się na szczycie góry Mt. Niedopałek. Mewtwo znajduje się w Unknown Dungeon. Raikou, Entei i Suicune pojawiają się losowo na mapie świata po tym, jak gracz pokona Elitarną Czwórkę, ale pojawienie się każdego opiera się na początkowym Pokémon wybranym przez gracza. Lugia i Ho-Oh można znaleźć, biorąc odpowiednio prawą ścieżkę i lewą ścieżkę na Wyspie 8. Defensywna wersja Deoxys pojawia się tylko w wersji LeafGreen i musi zostać sprzedana innemu graczowi. Wiele innych Pokemonów pojawia się w wersji LeafGreen, a nie w wersji FireRed, w tym Sandshrew, Vulpix, Bellsprout, Slowpoke, Staryu, Magby, Pinsir, Marill, Misdreavus, Sneasel, Remoraid, Octillery i Mantine. Gracz chcący wypełnić FireRed Pokédex musi dokonać wymiany, aby zdobyć Pokemonów.
