Najczęstszym skutkiem zanieczyszczenia wody na ludziach jest choroba. Woda pitna zanieczyszczona przez mikroorganizmy niosące chorobę, znane również jako patogeny, powoduje różne choroby przenoszone przez wodę, takie jak tyfus, czerwonka, zapalenie wątroby i cholera.
Zanieczyszczenia chemiczne, przemysłowe odpady i toksyczne odpady mogą powodować długotrwałe problemy zdrowotne u ludzi, zwłaszcza gdy zanieczyszczają ryby. Organizmy wodne, takie jak ryby, mogą przypadkowo spożywać toksyczne substancje, tak że toksyny są przenoszone do ludzkiego ciała.
Warunki zdrowotne, które mogą być spowodowane wodą pitną związaną z chemikaliami lub toksycznymi odpadami, obejmują niewydolność narządową, deformacje fizyczne, a nawet śmierć.
Obecność bakterii Escherichia coli, powszechnie znanych jako E. coli, w źródle wody jest wskaźnikiem obecności w wodzie substancji odpadowych człowieka lub zwierzęcia. Ta bakteria jest rodzajem bakterii coli typu kałowego, występujących w jelitach ludzi i zwierząt. Woda pitna zawierająca bakterie E. coli może powodować biegunkę, skurcze brzucha, bóle głowy i nudności. Małe dzieci i osoby starsze mogą być bardziej podatne na niepożądane działanie E. coli, ponieważ ich układ odpornościowy jest delikatny.
Zanieczyszczona woda jest także pożywką dla komarów. Ukąszenia komarów mogą wpływać na zdrowie ludzi i powodować choroby, takie jak malaria i denga.