W przeciwieństwie do komórek eukariotycznych, które zawierają swój materiał genetyczny w jądrze komórkowym, komórki prokariotyczne pozwalają, aby ich materiał genetyczny unosił się w cytoplazmie komórki. W rzeczywistości, komórkom prokariotycznym brakuje wewnętrznych, związanych z błoną komórek. organelle. Podczas gdy oba typy komórek wykorzystują DNA jako główny materiał genetyczny, prokarioty układają swoje DNA w prosty krąg, w przeciwieństwie do łączenia go w kilka chromosomów, tak jak robią to eukarioty.
Pomimo braku jądra komórki prokariotyczne koncentrują swój kolisty pierścień DNA w niewielkiej części komórki zwanej nukleoidem, ale membrana nie wiąże tego DNA razem. Ogólnie, komórki prokariotyczne są małe w stosunku do komórek eukariotycznych. Ta różnica występuje częściowo z powodu ograniczeń prokariotów podczas prób transportowania zasobów wokół komórki bez organelli.
Prokarionty znacznie przewyższają eukarioty, a ich prymitywna struktura to ilustruje. Częścią ich sukcesu jest zdolność do wymiany materiału genetycznego bezpośrednio z innymi komórkami. Nazywa się poziomy transfer genu, zdolność ta pozwala na odporność na antybiotyki. Prokariota używają małych pierścieni DNA, zwanych plazmidami, jako metody horyzontalnego transferu genów.
Większość komórek prokariotycznych posiada wić, która jest długim, przypominającym bicz, ogonem, który napędza je przez ich otoczenie. Komórki eukariotyczne mają różne typy struktur lokomotorycznych, w zależności od ich funkcji.