Gęstość wodoru wynosi 0,0000899 gramów na centymetr sześcienny. Jest najmniej gęsty ze wszystkich gazów i zawiera tylko jeden proton i jeden elektron. Jednak jego jeden elektron znajduje się w powłoce, która może pomieścić dwa elektrony, dzięki czemu wodór może łączyć się z jednym innym atomem.
Wodór jest tak lekki, że nieczęsto występuje w ziemskiej atmosferze, ponieważ może uciec przed przyciąganiem grawitacyjnym planety. Jest to najbardziej powszechny element we wszechświecie i ma zasadnicze znaczenie dla życia, ponieważ wiąże się z tlenem, tworząc wodę. Wodór znajduje się również w węglowodorach, węglowodanach, alkoholu metylowym i etylowym, aldehydach, ketonach, kwasach organicznych i estrach.