Historia Lincoln City w Oregonie obejmuje konkurs, w którym wzięła udział nazwa miasta i coroczne wydarzenia, takie jak Regaty Oceanlake i Taft's Redhead Roundup. Miasto Lincoln zostało oficjalnie zarejestrowane 3 marca 1965 roku. Wiele miast przybrzeżnych, takich jak Oceanlake, Nelscott, Taft, Delake i Cutler City, dołączyło do granic miasta Lincoln City.
Plemiona rdzennych Amerykanów okupowały przede wszystkim dzisiejsze Lincoln City przed obecnością europejskich osadników. Wcześni odkrywcy badali obszar pod kątem zasobów naturalnych. Sir Francis Drake zbadał obszar Lincoln City i nazwał go New Albion w 1572 roku.
Obszar ten stał się częścią rezerwatu Coast and Siletz w 1855 roku. Przejazd Kongresu USA z ustawy Dawes w 1887 roku pozwolił osadnikom na zagospodarowanie terenu. Ustawa zapewniła Indianom przydziały o powierzchni 80 akrów.
Stała nazwa Lincoln City była wynikiem konkursu dla dzieci w wieku szkolnym, ponieważ skompilowanie nazw pięciu miast przybrzeżnych okazałoby się trudne. Firma Lincoln City rozpoczęła działalność w branży rybackiej, a następnie w połowie lat 30. XX wieku rozpoczęła rejestrację jako przemysł. Taft's Redhead Roundup, spektakl z pięknymi rudymi włosami, jest również synonimem historii Lincoln City, ponieważ przyciągnął tysiące turystów w 1930 roku. Miasto jest także domem dla Domu Dorchester, w którym odbyła się pierwsza konferencja poświęcona problematyce republikańskiej w Oregonie.