Japonia zawiera taką roślinność, jak bagna namorzynowe, lasy subtropikalne, lasy, lasy północne, drzewa kwitnące, rośliny alpejskie i rośliny leśne. Lasy subtropikalne znajdują się na południu, a lasy zawierające jodłę, sosnę i świerk znajdują się na północy.
Japonia ma 7000 rodzimych roślin w postaci paproci i roślin na bazie nasion. Ekstremalne północne lasy Japonii można znaleźć na Hokkaido. Rośliny alpejskie rosną w wyższych częściach Sikoku i Honsiu.
Godną uwagi postacią japońskiej roślinności jest wiśnia, a kwiaty są narodowym symbolem Japonii. Japonia ma szeroką gamę kwiatów wiśni, ale najbardziej popularna jest odmiana Somei Yoshino, składająca się z białych płatków z nutą różu. Yaezakura rozkwitają duże kwiaty z żywymi, różowymi płatkami, a płacząca wiśnia również nosi różowe kwiaty.
Viburnum furcatum jest rośliną leśną, która dobrze rośnie w glebie, która jest wilgotna i pozbawiona wapna, i są one przystosowalne w chłodniejsze warunki pogodowe. Krzewy te rosną w wilgotnych obszarach, a kwiaty pojawiają się w maju. Owady muszą zapylać każdy kwiat, aby nasiona pojawiły się w październiku.
Hakonechloa macra to rodzaj leśnej trawy, która zazwyczaj występuje w górach. Roślina ta cieszy się zacienionymi obszarami i woli rosnąć na wilgotnym, skalistym terenie. Liście mają efekt drapowania, a trawa zawiera małe pędy, podobne do bambusa.
