Głównymi cechami fizycznymi Japonii są łańcuchy górskie, wulkany i ciężkie lasy. W kraju znajduje się kilka równin, które występują głównie wokół wybrzeża, niewielkiej liczby jezior i kilku krótkich rzek.
Około 80 procent Japonii jest górzysta, z nieaktywnymi i aktywnymi wulkanami. Alpy Japońskie, które znajdują się na wyspie Honsiu, są ogromnymi górami, które mają od 8000 do 10 500 metrów wysokości. Najwyższa góra Japonii znajduje się w pobliżu Tokio. Ten wulkaniczny stożek, zwany Fujiyama, osiąga wysokość 12 389 stóp. Wulkany są ważną cechą Japonii. Na wyspach tworzących Japonię znajduje się 192 wulkany, z których tylko 50 uważanych jest za aktywne.
Inną wyróżniającą się cechą fizyczną jest równina Kanto. Chociaż tylko 20 procent Japonii jest płaskie, równina Kanto jest duża. Tu właśnie znajduje się Tokio. Nieliczne równiny są ważne, ponieważ tam właśnie mieszka większość ludności i gdzie odbywa się rolnictwo i produkcja.
Chociaż jest kilka jezior, największe jest jezioro Biwa. Leży na Honsiu i ma 265 mil kwadratowych. Innym ważnym zbiornikiem wody jest Morze Wewnętrzne, które znajduje się pomiędzy trzema wyspami Japonii: Sikoku, Kiusiu i Honsiu. W Japonii jest wiele rzek, ale żadna z nich nie może płynąć łodzią. Jednak te rzeki są ważnym źródłem nawadniania i energii hydroelektrycznej. Najdłuższa rzeka to Shinano, a podróżuje 230 mil.
