Rzeka Missouri zaczyna się w pobliżu Three Forks w stanie Montana i biegnie do momentu połączenia z rzeką Mississippi w pobliżu St. Louis w stanie Missouri. Rzeka Missouri rozciąga się na 2439 mil.
Wody rzeki Missouri pochodzą z miejsca, gdzie zbiegają się Jefferson, Madison i Gallatin Rivers. Rzeka była bardzo podatna na powodzie, kiedy obszar ten zaczął być zasiedlany przez europejskich osadników. Te powodzie były kluczową częścią ekosystemu w tym obszarze. Dziś rzeka jest zatrzymywana przez 15 zapór na głównej trasie, a zapory zmieniły powódź i drogę rzeki. Obszar nazywany doliną Missouri jest obecnie bardzo zaludniony i nie zalewa go tak, jak w przeszłości, ale te działania miały wpływ na jakość wody i spowodowały ogromne straty w rybach i faunie.
