Zasadnicza różnica pomiędzy mejozą I i mejozą II jest celowa. Mejoza I jest przeznaczona do tworzenia dwóch haploidalnych komórek z jednej diploidalnej komórki, podczas gdy mejoza II ma na celu rozbicie siostrzanych chromatyd w haploidzie komórki wytwarzane w mejozie I, tworząc cztery komórki potomne. Mejoza I również rekombinuje lub tasuje geny na każdej parze chromosomów. Mejoza I i mejoza II występują kolejno.
Ogromna większość komórek organizmu jest diploidalna; zawierają dwie pary każdego chromosomu. Chromosomy są fizycznymi strukturami, na których zlokalizowane są geny. Jednak do celów reprodukcji płciowej konieczne są komórki haploidalne zawierające tylko jedną kopię każdego chromosomu. W przeciwnym razie produkowane potomstwo miałoby zbyt wiele chromosomów i nigdy nie przeżyłoby.
Mejoza I tasuje geny na macierzystych chromosomach, aby zapewnić różnorodność genetyczną, a następnie oddziela każdą parę chromosomów na dwie nowe komórki potomne. Każdy z tych chromosomów składa się z dwóch chromatyd, które, z powodu rekombinacji, niosą różne kombinacje genów rodzicielskich. Celem mejozy II jest rozdzielenie każdej chromatydu, wytwarzając cztery haploidalne komórki. Te cztery komórki nazywane są gametami.
Dla przykładu, ludzie niosą 46 chromosomów w swoich komórkach nieproduktywnych. Mejoza I u ludzi wytwarza dwie haploidalne komórki z 23 chromosomami lub parami chromatydów, a mejoza II rozdziela te komórki na cztery nowe komórki, z których każda zawiera 23 chromatydy. Te gamety są lepiej znane jako plemniki i komórki jajowe u ludzi. Kiedy ulegają fuzji podczas rozmnażania płciowego, tworzą komórkę, zwaną zygotą, która jest diploidalna z 46 chromosomami jeszcze raz. Tasowanie genów podczas mejozy i mieszanie genów rodzicielskich podczas rozmnażania płci pomaga zapewnić różnorodność genetyczną gatunku.
