Układ stacji Penn składa się z trzech poziomów: poziomu ulicy, wyższego poziomu i niższego poziomu. Układ zawiera również tory kolejowe i platformy, miejsca do przechowywania bagażu, sklepy i restauracje. Na poziomie ulicy znajdują się główne wejścia do stacji Penn Station, w tym wejście 34th Street Long Island Railroad w pobliżu 7th Avenue, 7th Avenue LIRR i New Jersey Transit przy 31. i 32. Ulicach, a 8th Avenue Amtrak - 31 i 33. .
Górny poziom Penn Station to lokalizacja dla pociągów Amtrak i New Jersey Transit. Po stronie 8th Avenue budynku znajdują się platformy Amtrak, natomiast strona 7th Avenue budynku posiada terminal NJ Transit. Na niższym poziomie znajduje się miejsce platform LIRR i znajduje się kilka hal: West End Concourse, Exit Concourse, Central Concourse, Hilton Corridor i Connecting Concourse. Stąd możliwe jest połączenie z nowojorskimi liniami metra A, C i E oraz 1, 2 i 3.
Windy zapewniają dostęp na poziomie ulicy i stacji do stacji Penn Station przy głównych wejściach 34th Street i 7th Avenue. Penn Station jest domem dla wielu sprzedawców żywności i napojów, a także dla sklepów i usługodawców.
