Japonia jest krajem wyspiarskim, co oznacza, że nie dzieli granic lądowych z innymi krajami. Najbliżsi sąsiedzi Japonii to Rosja, Korea Północna, Korea Południowa, Chiny i Tajwan.
Japonia składa się z szeregu wysp położonych w Azji Wschodniej. Graniczy z Morzem Japońskim na zachodzie, Pacyfikiem na wschodzie, Morzem Wschodnio-Chińskim i Morzem Filipińskim na południu. Jego wody terytorialne powodują bliski kontakt z kilkoma sąsiadami, a spory dotyczą niektórych z tych terytoriów. Najbardziej znaczący spór dotyczy sprzecznych roszczeń Chin i Rosji dotyczących małych wysp u wybrzeży i wód terytorialnych otaczających Japonię.