Temperatura, poziom pH i stężenia enzymu i substratu mają wpływ na funkcjonalność enzymu. Inhibitory chemiczne mogą również wpływać na działanie enzymów i zmniejszać ich skuteczność.
Temperatura wpływa na energię kinetyczną dowolnej cząsteczki. Cieplejsze temperatury zapewniają więcej energii kinetycznej, zwiększając szanse na udane zderzenia molekularne. Powyżej optymalnej temperatury struktura enzymu zaczyna się rozkładać, gdy wiązania molekularne zostają przerwane, a potencjał aktywności katalitycznej ulega zmniejszeniu.
Podobnie jak w przypadku temperatury, istnieje również optymalny poziom pH dla funkcjonalności enzymu. Zmiany w poziomach pH mogą powodować lub rozrywać wiązania molekularne, zmieniając kształt enzymów i bezpośrednio wpływając na skuteczność enzymu.
Szybkość reakcji katalizowanych przez enzymy zależy od stężenia enzymu i substratu. Szybkość reakcji wzrasta wraz ze wzrostem stężenia jednego z nich. Szybkość wzrasta, aż miejsce aktywne nasycone jest substratem. Jeśli stężenie substratu jest wysokie, a temperatura i pH są utrzymywane na stałym poziomie, szybkość reakcji jest wprost proporcjonalna do stężenia enzymu.
Substancje chemiczne zwane inhibitorami mogą zmniejszać lub nawet zatrzymywać aktywność katalityczną enzymu. Aktywne inhibitory ukierunkowane na miejsce zajmują aktywne miejsce i konkurują z substratem dla aktywnego miejsca. Inne inhibitory, zwane nieaktywnymi inhibitorami ukierunkowanymi na miejsce, przyłączają się do struktury enzymu i zniekształcają jego kształt.
